距今约2.5亿年前的二叠纪末期，发生了生物史上最严重的大灭绝事件，估计地球上有96%~97%的物种灭绝，其中90%的海洋生物和70%的陆地脊椎动物灭绝。三叶虫、海蝎、板足鲎以及重要珊瑚类群全部消失。陆栖的合弓纲(似哺乳动物爬行动物)受到了重创，顶级捕食者丽齿兽、大型植食性动物二齿兽、麝足兽、前缺齿兽都灭绝了。这次大灭绝使得占领海洋近3亿年的主要生物从此衰败并消失，让位于新生物种类，生态系统也获得了一次最彻底的更新，为恐龙等爬行类动物的进化铺平了道路。科学界普遍认为，这一大灭绝是地球历史从古生代向中生代转折的里程碑。其他各次大灭绝所引起的海洋生物种类的下降幅度都不及其2/3，也没有使生物演化进程产生如此重大的转折。
　　关于二叠纪-三叠纪灭绝事件的发生过程，已有多种假设，包含剧烈与缓慢的过程；白垩纪-第三纪灭绝事件的发生过程，也有类似的假设。剧烈过程理论的成因，包含大型或多颗陨石造成的撞击事件、连续性火山爆发、或是海床急骤释放出大量甲烷水合物。缓慢过程理论的成因，包含海平面改变、缺氧、以及逐渐增加的干旱气候。

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