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上海本轮监测到30个奥密克戎亚型毒株,尚未发现致病力增强

  · 上海最新监测到的XBB.1.5毒株,已在美国强势崛起。其显著的增长优势,归功于新突变大大增强了它与ACE2(新冠病毒受体)的结合,还可能使其获得更多突变。
  近日,全球共享所有流感数据倡议(GISAID)数据库新增369条中国本土新冠病毒测序结果,上传者为上海交通大学医学院附属瑞金医院(以下简称"上海瑞金医院")陈赛娟与上海市公共卫生临床中心(以下简称"上海公卫中心")范小红领衔的联合科研攻关团队。
  澎湃科技记者获悉,这些样本来自上海地区新冠患者,随机采集于今年11月23日至12月22日,经基因测序确认30个已知奥密克戎亚型毒株,尚未发现新的新冠病毒变异株。除了"南方株"BA.5.2和"北方株"BF.7相会于上海,在欧美广泛流行的BQ.1家族和XBB家族占比超过1/3——这些病例绝大多数为境外输入病例,处于闭环单独管理中,因此并未造成BQ.1家族和XBB家族的本土大规模传播。
  上海近期新冠病毒基因测序结果。来源:上海交通大学医学院
  未出现新的新冠病毒变异株
  据上海瑞金医院官方通报,为了评估调整疫情防护措施之后奥密克戎毒株在境内的传播模式,上述研究团队分析了当前境内流行的奥密克戎亚型种类。研究论文《初步分析我国2022年秋冬新冠疫情中奥密克戎亚型多样性与流行病学特征》(Primary assessment of the persity of Omicron sublineages and the epidemiologic features of autumn/winter 2022 COVID-19 wave in Chinese mainland)发表在《Frontiers of Medicine》上。
  研究人员对2022年秋冬期间上海公卫中心收治的患者中随机抽取的378例样本进行基因组测序,获得369个高质量新冠病毒全基因组序列。分子进化树分析发现,这些病毒基因组中共包含GISAID数据库里记录的30个奥密克戎亚型毒株,其中355个(95.95%)基因组序列集中在5个奥密克戎亚系,主要毒株包括已报道在北京和广州等地流行的BF.7和BA.5.2和近期欧美地区出现的BQ.1和XBB。结合感染者的旅行史和感染接触史,证明有北京或广州疫情接触史者分别主要携带BF.7和BA.5.2亚株;从海外入境上海的感染者主要携带BQ.1和XBB;而上海本地感染者中除了BA.5.2以外,还有多个奥密克戎亚株相对占比较高。这些结果中尚未发现新的新冠病毒变异株。
  新冠病毒的突变和进化。来源:Daniele Focosi
  BQ.1和XBB是目前欧美流行度最高的两个突变株家族。BQ.1是奥密克戎BA.5变异产生的第六代亚分支,其子系BQ.1.1已经成为全球主要流行株。而作为两个奥密克戎BA.2后代突变株的重组体的XBB,有极强的免疫逃逸能力,在出现后短短两周内就在新加坡成为主要流行株。二者在欧美广泛流行,上升趋势显著。BA.5.2和BF.7(BA.5.2.1.7的缩写)也均属于BA.5亚分支。据新加坡《联合早报》12月30日报道称,新加坡本地数据科学研究团队分析了GISAID数据库收集的中国新一波疫情期间的病毒基因组序列(来自北京、福建、广州、内蒙古和四川),并与数据库里的1440万个序列进行比较,发现它们和今年7月至12月在全球各地传播的已知毒株有着密切关系,表明中国至今并未出现新的新冠毒株。
  澎湃科技记者获悉,此次上海研究团队测序的369个病例,目前无一例重症,有症状的发热病人,也未检查出任何血常规或炎症指标的异常。整体观察来看,BA.5.2和BQ.1症状相对更轻,BF.7的有症状比例略高。
  12月26日,中国疾控中心病毒所所长许文波接受央视采访时称,自12月1日至26日,全国已完成1142例病例的全基因组测序,提示BA5.2和BF.7占全国流行的绝对优势,两者合计超过80%,此外还有7个奥密克戎变异株亚分支在全国流行,这些亚型没有发现有特征性的基因组突变。同时,一共发现31个奥密克戎亚分支输入国内,其中也包括正在国外加速传播的BQ.1、XBB等亚分支。
  "新毒株的致病力和其他毒株没有明显区别,目前暂没有发现BQ.1和XBB在国内外引起重症和死亡增加的报道。"在12月20日的国务院联防联控机制新闻发布会上,许文波表示,近三个月以来,一共有130多个奥密克戎的亚分支输入我国,其中9个省检出BQ.1及其亚分支,3个省检出XBB亚分支。他当时指出,BQ.1和XBB在国内尚未形成优势传播,但其传播优势会逐渐增加,与目前的国内主流毒株BA.5.2和BF.7一起,加上其他50多个输入的亚分支,最终可能形成一个共循环。
  新冠病毒进化路线图。来源:Rodrigo Quiroga
  XBB.1.5来势汹汹
  值得关注的是,上海此次监测到的25例XBB家族中,有3例XBB.1.5,同样都是境外输入病例,未造成本土传播。研究人员表示,境外输入患者中的毒株较为复杂,多为在我国境内首次检测到。当前测序结果表明,针对境外输入新型病毒株较多,仍需要常规开展病毒株检测为后续的科学防控提供依据。
  在美国,XBB.1.5已迅速成为头号流行毒株。美国疾控中心最新数据显示,近两周来,XBB.1.5在美国强势崛起,已取代BQ.1.1和BQ.1的优势地位。本周(12月25日至31日)XBB.1.5预计占美国新冠病例的40.5%,比前一周(21.7%)几乎翻一番。
  最新研究显示,XBB.1.5的免疫逃逸能力与 XBB.1相当,但关键突变F486P使其具有更高的人ACE2受体结合亲和力——ACE2可以被看作是新冠病毒进入人体细胞的"大门",这意味着XBB.1.5更容易感染人体。试验表明,在至少接种两剂mRNA疫苗的情况下,突破感染BF.7也无法诱导对XBB.1和XBB.1.5的高水平中和抗体,难以防止再感染。
  国内外专家预计,XBB.1.5将会在短时间内成为全世界的主要毒株,需要密切关注。其中还有一个重要原因是,XBB.1.5 的人ACE2结合亲和力几乎与 BA.2.75 相当,可能使 XBB.1.5 未来像BA.2.75一样获得更多突变,不过XBB.1.5目前免疫压力不大,还不会很快进化。
  美国每周监测新冠毒株比例图。来源:美国疾控中心官网
  12月24日,美国斯克里普斯研究转化研究所创始人兼所长埃里克·托波尔(Eric Topol)就在个人博客中提出"预警":XBB.1.5"正处于井喷式增长"。他不无担忧地指出,该突变株最早在纽约州被监测到,而当地住院人数(尤其是老年人)也随之急剧上升。
  "当然,其他因素也可能导致这一结果,如免疫力下降、更频繁的室内聚会、寒冷天气、缺乏缓解措施等,我们不知道XBB.1.5在多大程度上推动了这一进程,但这看起来不妙。它至少做出了贡献,看到两个数据如此惊人的共同增长也太巧合了。"托波尔写道,"未来几周,XBB占主导的相邻州的住院情况将如何发展,只有时间能告诉我们答案。"

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