王志禄德尔塔和奥密克戎波期间SARS2再感染

　　近期中国大陆第一轮新冠感染者集中暴发且即将达峰，这些患者多为初次染疫。接下来人们又担心是否会再次感染，其概率如何？特点又是什么？应该说，目前尚无国内资料可证。带着这一问题，今天检索发现最新发表于2022年10月24日临床研究杂志新视野(JCI Insight)的一篇来自美国的研究论文有益于释疑。
　　文章说自2021年12月底，SARS-CoV-2的奥密克戎变体迅速取代德尔塔成为最主要的变体。导致奥密克戎空前成功的因素尚不完全清楚，但最有可能的是免疫逃避。一些报告显示，无论是接种疫苗的人还是之前感染的人，对奥密克戎的抗体中和作用都有所下降。此外，据报道奥密克戎变异株的暴发性病例和再次感染率大幅增加。在大多数再感染病例中，测序数据无法验证这些发现。因此，无症状个体在最初阳性PCR检测后90天以上或有症状个体在初次感染后45天内，PCR检测阳性的病例通常怀疑再次感染。这种方法存在潜在的问题，因为RNA的长时间脱落和长时间的活动感染都有很好的记录，并且可以持续90天以上。因此，在这些病例中，尚不清楚阳性结果是否可能是由于长时间脱落、重复感染或错误的PCR结果。
　　作者既往报道了罕见的序列验证的再感染病例，以及使用奥密克戎激增之前的数据，在一些病例中，90天以上的阳性与最初感染时基因组的持续性一致。在这项研究中，研究者评估了初次阳性检测后至少90天检测呈阳性的个体的SARS-CoV-2基因组，以确定再次感染的频率。该文进一步描述了疫苗接种状态、年龄、免疫状态和序列强化再感染患者的结果，以及从最初感染到再感染的时间和发生再感染的日期。
　　结果
　　2021年12月，再次感染人数激增。 研究者确定了755名SARS-CoV-2检测呈阳性的患者，至少相隔90天。在这组患者中，作者在最初感染后至少90天内确定了920例SARS-CoV-2阳性检测。第二次阳性试验发生在初始试验后91至672天之间，中位数为377天，峰值约为初始试验后1年。随后进行90天后阳性检测的患者的初始检测主要是在2020年3月至5月和2020年/2021冬季进行的，而90天后阳性样本主要是在2021年末和2022年初收集的，当时Omicron是主要变异。通过监测测序工作，作者尝试对231个（25.1%）90天后阳性样本进行测序，其中127个全基因组从124名患者中回收。在奥密克戎激增之前，对可能再次感染的样本进行测序很少成功。从初始阳性到90天后阳性检测的中位时间（以天为单位），成功测序的样本在398天时高于测序失败的样本的276天（ P <0.0005，Welch’s t检验）。虽然在2021年底，90天后阳性样本组中无法测序的样本数量随着测试的增加而增加，但与2021 12月开始的90天后成功测序的菌株数量大幅增加相比，这只是小幅增加。
　　在这些患者中，有45名（36.3%）根据来自不同时间段、与不同分支相匹配的2个高质量基因组的鉴定，进行了序列验证的再感染。此外，研究者在90天后的阳性样本中发现了另外77名（62.1%）患者的高质量基因组，该样本与患者最初感染时未在该地理区域循环的分支相匹配。因此，作者推断这些患者再次感染。在该队列中，122名（98.4%）患者的病毒可在90天后进行测序，阳性样本显示有再次感染的证据，而只有2名（1.6%）患者显示有持续感染的证据。再感染患者的中位年龄为35岁，而持续感染患者的年龄为52岁。90天后检测呈阳性的患者显示初始基因组持续存在，从初始样本到90天后样本的时间范围在111到195天之间。对于序列验证的再感染，范围为98–646天，中位数为359天。在德尔塔出现之前，没有经过序列验证或推断的再感染。在2021年7月至11月的德尔塔疫情波蔓延期间，在奥密克戎冲浪期间，再感染增加了几倍之前，在低但一致的基础上观察到再感染。儿童在再感染队列中的代表性不足；与来自儿童患者的奥密克戎样本的百分比相比，再次感染组中的儿童患者比例不成比例地低（5%与18%， P =0.004，χ2检验）。值得注意的是，90天后阳性样本的儿科患者的测序失败率要高得多。 本研究中，经过序列验证的再感染女性患者的数量是男性患者的4倍多（34名女性患者，8名男性患者） 。90天后，女性患者的阳性样本约为男性患者的2倍（女性患者的560份样本，而男性患者的320份样本），与男性患者的样本相比，女性患者样本成功测序的比例更高，但这没有统计学意义（ P =0.19，χ2检验）。
　　再次感染主要是由奥密克戎变异株引起的，发生在已接种疫苗且其他方面健康的患者身上。 通过研究者的SARS-CoV-2监测计划（截至撰写本文时），对等效的德尔塔和奥密克戎序列进行了表征，奥密克戎占高质量基因组总数的29.7%（3282），而德尔塔占26.3%（2914）。相比之下，奥密克戎样本占再感染病例的95%，德尔塔占5%。
　　最终再次感染患者的最初感染是由奥密克戎之前传播的所有主要分支引起的。有序列验证再感染的32名患者在再感染前已接种疫苗，12名患者未接种疫苗。无论是否接种疫苗，大多数患者都有症状。未接种疫苗（33岁）和接种疫苗（36.5岁）患者的中位年龄相似（ P =0.24，χ2检验。接种疫苗和未接种疫苗的患者之间感染和再感染的中间天数也相似（分别为321天和368天）（ P =0.2，Welch’s t检验。最后，7名患者出现了某种形式的免疫抑制，免疫抑制再感染患者的中位年龄高于非免疫抑制患者（分别为44岁和34岁），尽管这在统计学上不显著（ P =0.2，χ2检验）。免疫抑制患者再感染的平均天数与非免疫抑制患者相似，分别为344天和359天，分别为（ P =0.09，Welch’s t检验）。在45名经过序列验证的再感染患者中，43人在门诊治疗，2人住院治疗。这2名住院患者因病情不佳而住院。
　　结论
　　由于几个不同的群体已经注意到奥密克戎激增的再感染人数有所增加，这是基于首次阳性检测90多天后的第二次阳性检测，研究者使用测序数据评估了约翰斯·霍普金斯系统符合这些标准的患者的SARS-CoV-2基因组。 作者注意到，在奥密克戎激增期间，90天后阳性检测大幅增加，测序证实，95%以上可测序的样本显示再次感染的证据。该研究结果证实了奥密克戎变异株的高水平再感染，并表明接种疫苗和免疫能力强的个体可能发生再感染。 然而，经过序列验证的再感染很少导致住院，而且在儿童中也很少发生。
　　参考文献
　　[1] Morris CP, et al. SARS-CoV-2 reinfections during the Delta and Omicron waves, JCI Insight. 2022. PMID: 36048527